Pada 1922 berdirilah Rumah Sakit Mata sebagai kelanjutan dari Poliklinik Mata di Gondolayu. Peletakan batu pertama Rumah Sakit Mata dilakukan oleh Sultan Hamengku Buwana VIII pada 21 November 1922. Hal ini berdasarkan prasasti yang berada pada dinding teras bawah sisi barat berbentuk persegi bertuliskan DE EERSTE STEEN GELEDG DOOR Z.H HAMENGKOE BOEWONO VIII OP DEN 21 STEN NOV 1922. Pada 29 Mei 1923 Rumah Sakit Mata itu dibuka oleh Jenderal Mr. D. Fock yang mendapat kuasa dari Ratu Belanda. Rumah sakit tersebut dinamakan Prinses Juliana Gasthuis voor Ooglijders yang artinya Rumah Sakit Puteri Juliana untuk Penderita Penyakit Mata.

Ketika Jepang menduduki Yogyakarta pada 1942, Rumah Sakit Prinses Juliana Gasthuis voor Ooglijders berganti nama menjadi Rumah Sakit Dr. Yap. Penamaan tersebut diambil dari nama Dr. Yap Hong Tjoen dan untuk menghilangkan hal yang berhubungan dengan pemerintah Belanda. Sejak saat itu hingga saat ini nama Rumah Sakit Dr. YAP tidak pernah mengalami perubahan