Gereja Santo Yusup Bintaran Yogyakarta dikenal sebagai “Gereja Jawa Pertama di Yogyakarta”. Pendirian gereja digagas oleh Romo H.Van Driessche, SJ, Bapak Dawoed (seorang katekis pribumi) dan juga Romo A. Van Kalken, SJ, yang menjatuhkan pilihan di Kampung Bintaran, sebelah timur Sungai Code. Arsitektur gaya belanda dan interior indah di dalam gereja merupakan salah satu daya tarik Gereja Santo Yusup Bintaran. Sejak awal dibangun Gereja Santo Yusup di kampung Bintaran Yogyakarta sudah memikat perhatian banyak orang karena bentuk gedungnya khas, berlainan dengan bangunan gereja lain di masa itu.

Menurut penuturan Bapak Wiranta selaku pengurus di sekretariat Gereja Santo Yusup Bintaran, pada saat itu sekitar tahun 1930-an jumlah umat Katolik Jawa semakin banyak. Mereka yang tidak terbiasa duduk di bangku gereja-gereja yang ada saat itu karena masih mengenakan kain, berdoa dengan cara duduk bersimpuh di lantai. Mereka lebih memilih berdoa dan mengadakan misa di bangunan belakang Broeder FIC (di sebelah timur gereja atau sekarang aula kidul Loji), namun semakin banyaknya umat yang berdoa membuat suasana tidak nyaman sehingga digagas pembangunan gereja baru untuk beribadah.

Bangunan Gereja Santo Yusup Bintaran ini dirancang oleh seorang Belanda bernama J.H. van Oijen B.N.A. dan dilaksankan pembuatannya oleh Hollandsche Beton Maatscahppij. Berdasarkan data yang ada, bangunan pertama Gereja Bintaran ini berukuran panjang 36 meter sampai di bagian bangku tempat komuni. Bagian kiri dan kanan berukuran panjang 20 meter. Lebar bagian tengah 10 meter dan bagian sisinya, masing-masing  5 meter, sehingga lebar seluruhnya 20 meter. Atap penaung bagian tengah memiliki ukuran tinggi 13 meter.

Bangunan Gereja Santo Yusup Bintaran diresmikan tanggal 8 April 1934 di Kampung Bintaran, sebelah timur Sungai Code dengan ditunjuknya Pastor Paroki pertama yaitu Romo A.A.C.M. de Kuyper,SJ dan Romo Albertus Soehijapranata, SJ. Beberapa kegiatan masyarakat berkembang di Gereja Bintaran sekitar tahun 937 seperti kursus keterampilan bagi wanita dan kegiatan jurnalistik berupa media masa majalah berbahasa Jawa bernama Swaratama yang dipelopori oleh Romo Albertus Soegijapranata,SJ.

Sekitar tahun 1947, Sekolah Guru Katolik dan SMA de Britto mulai tumbuh di Bintaran, persisnya menempati kompleks aula sebelah barat gereja. Sekolah lain yang berkembang dari gereja Bintaran adalah Santo Thomas yang sekarang menjadi SMA St. Thomas dan Yayasan Marsudi Luhur. Sementara kegiatan yang terselenggara dari Kongres Umat Katolik seluruh Indonesia dan Kongres Partai Katolik membuat pertemuan yang membahas pertimbangan menjadikan kompleks Gereja Bintaran sebagai cagar budaya.

Pada tanggal 27 Mei 2006 saat Daerah Istimewa Yogyakarta dilanda bencana gempa besar, kompleks Gereja Bintaran mengalami kerusakan khususnya di aula. Proses renovasinya dimulai pada tahun 2008 secara keseluruhan dan masih berlangsung hingga saat ini secara bertahap. Gereja Santo Yusup Bintaran memiliki banyak keistimewaan. Pertama, merupakan gereja Jawa pertama dalam artian diperuntukkan bagi umat Katolik Jawa. Kedua, bangunan yang sangat khas dan hanya ada di Indonesia dan di Belanda. Selain itu merupakan cagar budaya yang dilindungi berdasar Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor PM.25/PW.007/MKP/2007 tentang Penetapan Situs Dan Bangunan Tinggalan Sejarah Dan Purbakala Yang Berlokasi Di Wilayah Propinsi Diy Sebagai Benda Cagar Budaya Atau Kawasan Cagar Budaya.

Kunjungan untuk aktivitas spiritual dan berdoa akan mendapat fasilitas presentasi sejarah gereja oleh pengurus Gereja Bintaran di aula. Bagi pengunjung yang datang untuk berdoa secara personal atau dalam jumlah kelompok kecil yang telah memiliki stasi sendiri dapat menggunakan kapel. Sedangkan pengunjung dalam kelompok besar yang ingin berdoa atau melaksanakan misa di Gereja Santo Yusup Bintaran Yogyakarta diperbolehkan dengan terlebih dahulu menghubungi sekretariat melalui email sekrebintaran@gmail.com minimal seminggu sebelum kunjungan. Sementara waktu kunjungan ditetapkan diluar hari Sabtu dan Minggu di jam 08.00-17.00 WIB.