Bangunan yang berada di Kota Yogyakarta, hampir seluruhnya menyimpan cerita sejarah tersendiri sebagai saksi peradaban Yogyakarta ataupun perjuangan kemerdekaan Indonesia di masa lampau. Bangunan bersejarah tersebut ada yang masih digunakan sesuai fungsinya hingga saat ini, bahkan dibangun tempat-tempat publik lain di sekelilingnya untuk menghidupkan suasana. Salah satu contohnya adalah Masjid Kuncen yang terletak di Dusun Kuncen, Kelurahan Pakuncen, Kecamatan Wirobrajan, Kota Yogyakarta.

Masjid Kuncen diperkirakan sudah berdiri pada tahun 1800 bersamaan dengan masjid kuno Yogyakarta lainnya yakni Masjid Gedhe Kauman. Terdapat komplek makam di belakang Masjid Kuncen yang di dalamnya terdapat makam dari abdi dalem Keraton Yogyakarta yakni Nyi Ageng Derpoyudo, dan pahlawan nasional seperti  H.O.S Cokroaminoto, Muso, R.M Kartosuwiryo dan Fachruddin. Selain itu, di komplek Masjid Kuncen juga terdapat SD Muhammadiyah 2 Wirobrajan, yang membuat suasana masjid dengan arsitektur keraton ini lebih hidup karena ada aktivitas warga di sekelilingnya.

Menurut warga Dusun Kuncen, nama masjid diambil dari nama dusun dengan tujuan mengenang adanya sejarah perjuangan kemerdekaan di daerah tersebut. Selain karena bangunan Masjid Kuncen adalah milik Keraton Yogyakarta, masjid ini juga merupakan tempat perlindungan warga dari serangan penjajah pada masa perjuangan kemerdekaan. Warga Dusun Kuncen bekerja sama untuk merawat dan melestarikan bangunan masjid milik Keraton Yogyakarta ini dengan tetap mempertahankan bentuk asli Soko Guru atau tiang penyangga di ruang tengah masjid, Mustaka atau Kubah masjid dan juga penggunaan bedug serta kentongan untuk penanda masuknya waktu sholat. 

Penggunaan Masjid Kuncen di era modern ini tetap menjadi tempat beribadah warga dan acara keagamaan seperti pengajian dan bakti sosial yang datang dari berbagai lembaga. Pada waktu tertentu menurut warga Dusun Kuncen, masjid ini juga dikunjungi oleh wisatawan yang datang ke Kota Yogyakarta dan senang akan bangunan bersejarah Keraton Yogyakarta. Bagi wisatawan maupun warga, kunjungan ke Masjid Kuncen dapat memberi pengalaman religi sekaligus wisata sejarah karena bangunan dan ornamen masjid yang indah serta suasananya yang sejuk karena beratap rendah dan memiliki selasar.