Gereja Katolik Santo Antonius Padua atau lebih dikenal dengan nama Gereja Katolik Kotabaru merupakan salah satu gereja Katolik di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta. Gereja ini merupakan bagunan peninggalan zaman Belanda bergaya indis yang dirancang sekitar tahun 1920 sebagai kelengkapan area perkotaan dan fasilitas kompleks perumahan. Lokasinya tepat terletak di Jl. I Dewa Nyoman Oka No. 1 Kotabaru Yogyakarta.
Awal kegiatan keagamaan katolik di sekitar Kotabaru dimulai dengan kehadiran Romo F. Strater pada sekitar tahun 1918. Sebelum Gereja tersebut berdiri, Romo F. Strater merintis pendirian Kolese Santo Ignatius (Kolsani) dan Novisiat Kolsani yang telah dimulai pada 18 Agustus 1922. Kolsani ini juga mempunyai kapel yang terbuka untuk umum. Romo F. Strater akhirnya memutuskan untuk mendirikan gereja yang lebih besar dan representatif, karena perkembangan umat yang terus bertambah. Akhirnya Provinsial Serikat Jesus Indonesia saat itu, yaitu Romo J. Hoeberechts, mendapatkan bantuan/ donatur dari Belanda untuk pembangunan gereja, namun dengan syarat bahwa gereja yang akan dibangun itu hendaknya diberi nama Santo Antonius van Padua.
Pada saat pendudukan Jepang di tahun 1942 - 1945, para romo dan biarawan-biarawati dari Belanda ditahan di kamp tahanan. Kolsani menjadi tempat penampungan tahanan bagi suster-suster dan wanita-wanita Belanda. Banyak patung – patung Santo Yesuit yang dibakar oleh tentara Jepang. Gereja tidak berfungsi sebagaimana mestinya karena dijadikan gudang, karena itu kegiatan peribadatan dilakukan di Widyamandala dan di Kumetiran dengan membeli sebuah rumah kuno berbentuk joglo dan berhalaman luas, rumah inilah yang kemudian dijadikan gereja sementara.
Setelah Jepang mengalami kekalahan dalam Perang Dunia tahun 1945, maka Kolsani dan Gereja Santo Antonius Kotabaru berfungsi kembali menjadi gereja seperti semula. Rumah joglo di Kumetiran yang pada mulanya berfungsi sebagai gedung gereja sementara, melanjutkan peran dan fungsinya secara permanen dan selanjutnya menjadi gereja dari Paroki Kumetiran.